节水灌溉是兵团设计院的核心专业。主要从事以喷灌、微灌、管道灌溉等型式为主的各种节水灌溉工程设计，业务包括高效节水灌溉设计、农田水利工程设计、灌区规划，土地整治工程设计，城镇及工业供水、人畜饮水工程规划设计，农业工程和土地规划设计，工程总承包。工程涉及疆内、国内（河北、宁夏、云南、东北）、国外（中亚、南美、非洲）等多个地区。

     目前，兵团设计院的自压节水灌溉技术实力已处国内领先水平，在自治区及兵团取得了一批重要成果，共完成节水灌溉项目500余项。代表作品有：新疆克拉玛依20万亩生态农业综合开发项目、新疆兵团400万亩高效节水灌溉工程、南疆地区沙雅县渭干河灌区50万亩农业高效节水增收试点工程、新疆阿勒泰地区吉木乃县“万驼园”饲草料基地、河北枣强县设施农业高效节水灌溉建设项目等。